一、出车祸老板扣司机工资合法吗
不合法。根据《工资支付暂行规定》第十五条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(三)判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
(五)以上是法律规定单位可以代扣工资的情形。现在您出车祸，如果因为身体原因可以请事假或者病假，在事假或者病假期间单位有权不予支付全额或者部分工资。但是单位无权扣除您的其他工资。换句话说，如无其他情形，您正常工作期间应得的工资报酬单位应当全额发放。如果存在克扣的话，可以去劳动局投诉或者申请劳动仲裁。
二、劳动者被无故扣工资怎么办
1、到劳动行政部门举报(通常是劳动管理监察大队)。
2、也可以直接申请仲裁(仲裁费用200-300元，如果你胜了全部由公司负担)。
3、如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到起诉。
4、根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，你可以要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。